Tradycja wytwarzania balsamu kapucyńskiego sięga dwóch wieków. Jego produkcja rozpoczęła się w Czechach, w praskim klasztorze Ojców Kapucynów. Czescy Kapucyni według ustnego przekazu, otrzymali recepturę od lekarza, który powierzył im ją po śmierci swojej żony. Około 100 lat temu receptura balsamu została przekazana członkom zakonu Kapucynów w Krakowie, którzy od tego czasu zajmują się jego produkcją i rozprowadzaniem balsamu.
Tradycja głosi, że receptura balsamu została ofiarowana krakowskim Kapucynom z wdzięczności za ocalenie życia rannemu w I wojnie światowej czeskiemu Kapucynowi, którym zaopiekowali się bracia z Krakowa. Pierwsze posiadane przez zakon źródła pisane pochodzą z początku XX wieku. Balsam wymieniany jest w księgach kasowych klasztoru od roku 1930, poprzez 1931 i 1935. Miesięcznik OO. Kapucynów Wzlot Seraficki z lutego 1936 roku zamieścił reklamę balsamu kapucyńskiego: „Kapucyński balsam, wszystkie bóle koi, spróbuj – przekonaj się sam; próżno teraz lekarz o pacjentach roi, kapucyński balsam wszystkie bóle koi (…) Zamów przeto zaraz!”.
W okresie międzywojennym, odpowiednik dzisiejszego Urzędu Skarbowego zażądał od Kapucynów opłacenia podatków z tytułu produkcji balsamu. Ponieważ środki ze sprzedaży balsamu przeznaczone były na budowę i utrzymanie seminarium, pierwszy Kapelan Legionów, Kapucyn o. Kosma Lenczowski udał się do Marszałka Józefa Piłsudskiego, który skutecznie interweniował w tej sprawie.
Bracia zakonni pamiętają ustne przekazy starszych zakonników, którzy opowiadali im już w czasie nowicjatu o wielkiej popularności balsamu. Świadczyły o tym liczne zamówienia trunku, nie tylko z Polski. Balsam kapucyński wysyłany był m.in. do Stanów Zjednoczonych i Australii. Rosnąca popularność balsamu doprowadziła do podjęcia decyzji o rozpoczęciu produkcji na większą skalę. W 2005 roku powołano Kościelny Zakład Wytwórczo-Handlowy Manufaktura Kapucynów. Wyremontowano dawną stolarnię klasztorną, zmieniając ją na zakład produkujący wyłącznie kapucyński balsam.
W okresie przedwojennym popularność balsamu była ogromna, co sprzyjało pojawianiu się podróbek. Zakonnicy wspominają kiedy to w okresie międzywojennym, Klasztor odwiedziła policja chcąc przeprowadzić kontrolę jakości balsamu.